Vào tháng 4 năm 2003 Yukos thỏa hiệp nhập chung lại với Sibneft, mà từ tháng 6 năm 2006 có tên là Gazprom Neft, hồi đó theo như doanh thu là doanh nghiệp lớn thứ 5 tại Nga. Dự định này không thành vì Khodorkovsky bị bắt. Cuối tháng 10 năm 2003 chính phủ đã đóng băng 44% số cổ phiếu, để mà ngăn chận một nhóm đầu tư làm việc với Khodorkovsky mua lấy tập đoàn này.

Từ đó tiền lời của Yukos càng ngày càng giảm, điều này càng thấy được rõ ràng khi chỉ mấy năm trước lợi nhuận đã tăng rất nhanh. Đầu năm 2004 có tin đồn là những hạn chế của chính quyền sẽ đưa tập đoàn đến việc không có tiền trả nợ phải phá sản, và như vậy nhà nước có thể mua lại với giá rẻ.

Vào ngày 29 tháng 6 năm 2004 Yukos bị tòa án phán phải trả thêm 2,8 tỷ Euro tiền thuế cho năm 2000. Tập đoàn phải trả cho tới tháng 8 năm 2004 số tiền này. Tiền thuế còn thiếu cho năm 2001 cũng là 2,8 tỷ Euro. Năm 2002 và 2003 cũng bị đòi một số tiền tương tự.Vì không có tiền trả nên tập đoàn này bị xiết nợ. Ngày 19 tháng 12 năm 2004 Juganskneftegas bị bán đấu giá với giá 9,4 tỷ dollars, để mà trả nợ cho số tiền thuế còn thiếu. Trong cuộc đấu giá Baikalfinansgrup, một nhóm tài chánh chỉ thành lập vài ngày trước đó tại một địa chỉ là một quán snack bar, đã thắng cuộc.[3] 3 ngày sau doanh nghiệp chính phủ Rosneft đã mua đứt Baikalfinansgrup. Vài tháng sau đó Yuganskneftegas trị giá khoảng từ 15 cho tới 17 tỷ Dollars.

Những người chủ của công ty GML (Group Menatep Limited) - công ty mẹ trước đây của Yukos đã kiện chính phủ Nga về việc này ra Tòa án Trọng tài Thường trực (Permanent Court of Arbitration) Hague ở Hà Lan vào năm 2007. Theo phán quyết vừa công bố, Chính phủ Nga phải trả gần một nửa số tiền bồi thường 103 tỷ USD đề nghị bởi nhóm cổ đông lớn của hãng dầu khí Yukos. Tòa án nhận định chiến dịch chống lại Yukos "là vì mục đích chính trị", chứ không đơn thuần là trốn thuế.[4]

Khodorkovsky hiện sống tại Thụy Sĩ, cho biết mình sẽ không được hưởng bất kỳ phần nào trong khoản bồi thường trên, do đã chuyển cổ phần trong Yukos cho Leonid Nevzlin để bảo vệ công ty, sau khi ông trở thành mục tiêu của các tòa án Nga. Nevzlin hiện sở hữu hơn 70% GML. 4 người khác - Platon Lebedev, Mikhail Brudno, Vladimir Dubov và Vasily Shakhnovsky mỗi người nắm hơn 7,5%. Trước đây, GML từng sở hữu 60% Yukos.[4]

Ngoài ra vào ngày 31 tháng 7 năm 2014, tòa án về Nhân quyền châu Âu châu tại Straßburg cũng đã xử Nga phải bồi thường cho những cho những chủ nhân cũ của Yukos 1,9 tỷ Euro. Quan tòa cho rằng, nước Nga bằng cách bịa ra thuế má và qua một cuộc đấu giá không minh bạch làm giảm đi giá trị thật sự của tập đoàn này. Nga còn phải trả thêm 300.000 Euro tiền tòa và thuế.[5]